O Conselho Deliberativo é a instância de deliberação superior da entidade. Toma decisões sobre as políticas e as diretrizes fundamentais, assim como as normas gerais de organização, operação e administração. O órgão é composto de um número ímpar de membros indicados pelas patrocinadoras, observado o mínimo de três, garantida a representatividade a participantes e assistidos de um terço das vagas. Os membros do Conselho Deliberativo têm mandato de dois anos, permitida a recondução.
Atualmente, compõem o Conselho Deliberativo:
Carolina Zwarg - Presidente
Emerson França - Conselheiro
Alexandre Peev - Conselheiro (representante dos participantes)